针对农民工工资超5000元的个税缴纳问题，可依据《中华人民共和国个人所得税法》的具体条款明确法律依据：
根据《中华人民共和国个人所得税法》第二条，工资薪金所得、劳务报酬所得均属于应纳税个人所得；第三条规定综合所得（含工资薪金、劳务报酬）适用3%-45%的超额累进税率；第九条明确“个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人”。农民工工资超5000元的部分，若为工资薪金，用人单位是扣缴义务人；若为劳务报酬，支付方是扣缴义务人。无论哪种情况，农民工是最终的纳税义务人，支付方需依法代扣代缴，未代扣代缴的，农民工需自行申报，这是上述法条在农民工工资个税问题上的直接适用结论。
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农民工工资超5000元的个税缴纳，存在以下2种特殊情况影响处理结果：
1. 农民工同时打多份零工（如白天在工地做建筑工、晚上做家政），每月多份劳务报酬合计超5000元：此时单份劳务报酬可能未超800元（劳务报酬预扣预缴起征点），支付方未代扣代缴，但年度综合所得汇算时，多份收入合并后超6万元（5000元/月×12个月）的部分需补税，影响是农民工需自行办理汇算清缴，否则会产生补税义务；
2. 农民工有专项附加扣除（如赡养老人、子女教育）：例如，农民工老张工资6000元，若他每月有2000元赡养老人专项附加扣除，扣除后应纳税所得额为6000-5000-2000=-1000元，无需缴个税，影响是实际应纳税额会减少甚至为零，需提前向扣缴义务人或税务机关申报专项附加扣除信息。
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农民工工资超5000元未正确处理个税，可能面临以下2项法律风险：
1. 滞纳金与罚款风险：例如，农民工小李在工地做零工，每月工资6000元，用工方未代扣个税，小李也未自行申报，税务部门查实后，除要求小李补缴超5000元部分的个税（1000元×3%=30元/月）外，还需从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金，情节严重的可能处不缴或少缴税款50%以上5倍以下的罚款；
2. 个人信用受损风险：例如，农民工小王的工资超5000元后，用工方未代扣代缴，小王也未自行申报，该未缴个税记录被纳入个人纳税信用档案，导致小王后续申请银行贷款时因纳税信用不良被拒绝。
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农民工工资超5000元的个税缴纳主体需结合收入性质和用工关系判断。以下分情况详细说明：
农民工工资超5000元的个税缴纳主体分为两种核心情况：
1. 若农民工与用人单位存在劳动关系（签订劳动合同、受单位管理），工资超5000元的部分，由用人单位作为扣缴义务人代扣代缴个税；
2. 若农民工提供的是临时性劳务（如按次结算的建筑零工、无固定用工关系），工资超5000元的部分，由支付劳务报酬的单位或个人代扣代缴个税；若未被代扣代缴，农民工需在次年3-6月进行综合所得汇算清缴自行申报缴纳。

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